Wer die Altmünsterkirche betritt nimmt sofort die Orgel im Altarraum war und ist überrascht, wenn er feststellt, dass sich auf der Empore noch eine Orgel befindet. Nur wenige Mainzer Kirchen haben zwei Orgeln.

Die Orgel im Chorraum ist die ursprüngliche Hauptorgel der Altmünsterkirche. Sie wurde 1954 von der Firma Förster und Nicolaus (Lich) für die Christuskirche als Übergangsinstrument gebaut. Als 1962 die neue Hauptorgel der Christuskirche fertiggestellt war, transferierte man die alte Orgel in die Altmünsterkirche, die erst 1960 nach ihrer Zerstörung im Zweiten Weltkrieg wieder aufgebaut und eingeweiht worden war. Die Orgel fand ihre Aufstellung auf der Empore.

2008 wurde die Orgel in den Altarraum versetzt. Auf die Empore kam die ehemalige Orgel der Musikhochschule. Dieses Instrument wurde 1986 durch die Firma Oberlinger (Windesheim) unter Verwendung von Pfeifenmaterial der Vorgängerorgel aus dem Jahr 1957 für den Orgelsaal des Fachbereichs Musik der Universität Mainz erbaut. Mit dem Umzug der Musikhochschule in einen Neubau auf den Universitätscampus wurde dort auch eine neue Orgel beschafft und die alte Orgel mit kleineren klanglichen Anpassungen in die Altmünsterkirche transferiert.

Die durch den langjährigen Kantor der Altmünsterkirche und Professor der Musikhochschule Eberhard Volk begründete enge Verbindung zwischen Altmünsterkirche und Musikhochschule wurde durch die Übernahme der Orgel weiter gefestigt. Bis heute steht den Kirchenmusikstudierenden der Musikhochschule das vertraglich geregelte Recht zu, die Orgeln der Altmünsterkirche als Übeinstrumente zu nutzen.